秦良玉率秦军夺取了二郎关，总兵杜文焕攻破了佛图关。川东兵备副使徐如珂也击退奢寅派来的周鼎数万援军，歼敌万余。
二十八日，收复重庆，斩杀叛将樊龙和张彤等人。逼得奢崇明不得不退守永宁。
此后，由于地形缘故，双方在建武、长宁、珙县、宜宾、遵义一带缠斗不休，互有胜负，局势一度进入相持阶段。
天启三年（1623年）春，朱燮元吸取了“我以分，贼以合”因而未能彻底平叛的教训，决定集中兵力，直捣永宁。
于是朱燮元明修栈道，在纳溪设疑兵，佯装将纳溪作为主攻方向，调动了叛军的主力，但实际上暗度陈仓，暗中集中主力于长宁，进兵永宁。
一路上官军连战皆捷。到四月，终于一举攻克了永宁。
五月时，又攻克了蔺州。
逼得奢崇明父子不得不率余部败退水西龙场，投靠贵州安邦彦。后又分兵犯永宁、遵义，皆被被川军击退。
四川总兵官李维新、监军副使李仙品、佥事监军刘可训等，统率各将，分五路进兵龙场，擒获奢崇明妻安氏、弟奢崇辉及叛军大学士、经略、丞相、总督等文官武将多人，斩首万余人，奢崇明父子受伤率领残部逃跑。
此时，新任贵州巡抚王三善也率军长驱直入，夺下了水西安氏的老巣大方，逼得水西土司安位和他的母亲奢社辉逃到火灼堡，安邦彦也逃到了织金。安位乞降。
当时形势可谓一片大好。
只可惜当时朝廷认为胜局在握，于是想通过这个机会，推行改土归流，下令废除水西、永宁宣抚司，设立道府治理其地。
这一政策立刻引起了川黔两地原本投降的土司们的恐慌，再次反叛朝廷，王三善所率的官兵，在从大方退兵的途中遇伏战死。
西南第一武将之称的总兵鲁钦被迫率残卒败退，朝廷将其革职，命戴罪治事。
安邦彦乘机围困贵州战略要地都匀、凯里，鲁钦奉命率军救援，在汪家冲一带将叛军击败。但在率军回撤途中，鲁钦中叛军埋伏，部下死伤惨重，再次被贬，命立功自赎。
后来，鲁钦趁着叛军之间发生分裂之机，兵分三路进行围剿，在米墩山一带生擒叛军头目天保和阿买，破焚一百七十四寨。因此被官复原职。
哪知去年八月，安邦彦率部偷袭，鲁钦不防被攻破了营垒，导致明军溃败，鲁钦当场拔剑自刎。
贵州形势愈发不可收拾。
四川的情况也差不多，那些原本被打服投降的土司，听说朝廷要改土推流，又重新造反，奢崇明找到机会，再度崛起，屡次通过偷袭、埋伏大败官军，一举收复了永宁地区。
也亏得有朱燮元在主持大局，凭着他的威望，才能强压住，没让局势因为兵败而像贵州那般崩坏，勉强与奢崇明维持相持之势。
但说到底，因为朝廷坚持要改土归流，四川大部分土司都是心向奢崇明，即使现在表面上对朝廷恭敬顺服的土司，背地里准备做些什么，谁也说不准。
一句话，就是敌友难辨。
四川情况也许还好一些，毕竟这边的汉人的比例原多于贵州，重点的城市与关隘还牢牢掌握在朝廷手中。
贵州则不同，汉人比例不及十之一二，形势要比四川严峻许多。